Le 17 août 1994 à Bordeaux, il est pour la première fois sélectionné en équipe de France, contre la République Tchèque, sur la pelouse de son club au Parc Lescure. Il entre en jeu à la 63e minute avec le numéro 14. La France est alors menée 2-0 mais Zidane marque deux buts en deux minutes permettant aux bleus d'obtenir le match nul. Ce n'est qu'en 1995, au cours des éliminatoires pour l'Euro 1996, que le sélectionneur national Aimé Jacquet fait de Zidane son meneur de jeu titulaire.



Titulaire pour l'Euro 1996 en Angleterre malgré un accident de voiture quelques jours avant le début de la compétition, il parviendra avec ses coéquipiers à atteindre les demi-finales (défaite contre la République Tchèque aux tirs aux buts).

En 1998, il participe à la coupe du monde organisée en France. Le premier match se déroule à Marseille dans sa ville natale contre l'Afrique du sud. Après une première victoire (3-0), la France remporte son second match contre l'Arabie saoudite (4-0) mais Zidane est expulsé pour un mauvais geste contre un adversaire. Suspendu deux matchs, il ne peut jouer le troisième match de la phase de poule contre le Danemark (2-1) et le huitième de finale contre le Paraguay (1-0). Il fait son retour en quarts de finale contre l'Italie où la France s'impose aux tirs aux buts. Il dispute la demi-finale contre la Croatie au cours de laquelle son coéquipier Lilian Thuram marque un doublé qualificatif pour la finale. À l'occasion de la finale, Zidane entre dans l'histoire de la compétition en marquant deux buts, tous les deux de la tête sur corners. Il permet à la France de soulever le trophée pour la première fois de son histoire. Ce titre de champion du monde lui permet d'atteindre la consécration sur le plan national (le soir de la finale, de nombreux slogans clamés "Zizou président").



En 2000, lors du championnat d'Europe des nations, il conduit l'équipe de France à un nouveau titre de champion. Zidane marque le but en or en demi-finale contre le Portugal. La France est la première nation à réaliser le doublé coupe du monde/championnat d'Europe.


Il est retenu pour la coupe du monde 2002 où la France est tenante du titre mais lors du dernier match préparatoire contre la Corée du sud, il se blesse au quadriceps gauche et ne peut prendre part aux deux premiers matchs de la compétition. Il fait son retour lors du troisième match décisif contre le Danemark mais ne permet pas à la France de se qualifier pour les huitièmes de finale.



Deux ans plus tard, lors de l'Euro 2004, l'équipe de France est éliminée en quart de finale par la Grèce 1-0. Zidane est le seul tricolore retenu dans l'équipe type de la compétition. Le 4 août 2004, il prend sa retraite internationale. Un an plus tard, le 3 août 2005, il souhaite revenir jouer avec les bleus pour aider l'équipe de France à se qualifier pour la coupe du monde en Allemagne. Son match de retour a lieu le 17 août 2005 à Montpellier où la France bat la Côte d'ivoire par un score de 3-0, avec un but de Zidane. Il est nommé capitaine de l'équipe de France. Début août, environ 12 000 places sur les 35 500 du stade de la Mosson sont vendues, le match étant prévu depuis la mi-juillet. Le 4 août, lendemain de l'annonce de son retour, la billeterie est prise d'assaut et les places restantes se vendent en moins d'une journée.


Zidane entreprend sa dernière compétition avec l'équipe de France pendant la coupe du monde 2006 en Allemagne. Il réalise un début de compétition timide et il est même suspendu pour le troisième match de poule suite à deux cartons jaunes reçus au cours des deux premiers matchs. En huitième de finale, il inscrit le dernier but des bleus portant le score à 3-1 contre l'Espagne. En quart de finale, contre le Brésil, Zidane surclasse les brésiliens par ses gestes techniques, il est élu homme du match par la FIFA et délivre la passe décisive sur un coup franc à Thierry Henry pour l'unique but de la rencontre. En demi-finale, il ne tremble pas face au gardien portugais et marque sur penalty l'unique but de la rencontre qui permet à l'équipe de France et à Zidane de se retrouver une deuxième fois en finale de la coupe du monde. En finale, la France s'incline face à l'Italie aux tirs aux buts malgré avoir menée 1-0 grâce à une magnifique "panenka" de Zidane sur penalty. Au lieu de finir en apothéose, sa carrière se termine sur une expulsion après avoir porté un coup de tête au thorax de Marco Materazzi suite à une insulte de l'italien. Zidane conservera toutefois le titre de meilleur joueur de la coupe du monde.